Nonostante le continue minacce e le guerre fra la Serenissima e l’impero Ottomano, Venezia mantenne sempre rapporti commerciali con i Turchi. L’accogliente politica veneziana permetteva a molti di loro di risiedere in città, anche se per periodi limitati e mai con le famiglie. Fin dal 1516 i Turchi alloggiarono nella zona dei Santi Giovanni e Paolo e successivamente nel sestiere di Cannaregio, presso privati e in osterie. Nel 1570, all’inizio della guerra di Cipro contro l’esercito ottomano, a Costantinopoli furono arrestati il bailo Barbaro e i mercanti veneziani. Nel 1571 Venezia decise di agire allo stesso modo nei confronti dei Turchi, trattenendo i mercanti e le loro merci. Insieme a loro vennero arrestati anche una buona parte degli ebrei residenti a Venezia, accusati di aver favorito la guerra contro Cipro. Il Senato Veneziano era convinto che i ricchi beni degli ebrei, cui gli Ottomani erano interessati, potessero accelerare le trattative per il rilascio dei suoi concittadini.

L’odio che andò montando nei confronti degli Ottomani provocò violenti scontri tra cristiani e musulmani. Il Senato decise allora di riservare anche ai Turchi, così come aveva fatto per gli ebrei con il ghetto, un luogo dove potessero alloggiare e svolgere i loro commerci in sicurezza. Nel 1574, il cittadino di origine greca Francesco di Dimitri Littino propose al Consiglio dei Dieci di individuare un palazzo che, sotto accurata sorveglianza e la sua gestione, fosse destinato a residenza dei Turchi a Venezia. Si evitava così di lasciarli liberi di girare per la città e di commettere eventuali atti illegali. Per affrontare le spese della residenza, propose anche l’introduzione di una tassa ad personam e un diritto fisso per le merci. La proposta venne discussa nel 1602 e l’idea fu quella di creare per i Fondaco dei Turchi un fondaco simile a quello già destinato ai Tedeschi. Molti si opposero sostenendo che in quel modo si sarebbe creato un luogo d’incontro della malavita, di propaganda del Sultano e di adorazione di Allah. Intanto i musulmani continuavano a vivere sotto il controllo della famiglia Littino nella casa Vendramin, ma, a dire dei Veneziani, continuavano a causare problemi per il loro comportamento irrispettoso nei confronti della vicina chiesa di San Matteo. Nel 1621 il consiglio dei Cinque Savii alla Mercanzia, decise di spostarli in una grande casa sul Canal Grande appartenuta al Duca di Ferrara. Da quel momento in avanti la casa avrebbe accolto tutti i musulmani, Albanesi, Bosniaci e Asiatici, insieme alle loro merci. Alcuni soldati di guardia furono messi ad impedire eventuali ingressi di cristiani malintenzionati nella casa, dalle finestre chiuse verso l’esterno e il muro rialzato. L’interno del fondaco era diviso in due parti, una destinata ai musulmani di provenienza albanese e bosniaca, l’altra agli asiatici musulmani di Turchia che pagavano tasse più care per le loro merci. Col passare degli anni l’importanza di questi mercanti e dei loro commerci andò sempre più diminuendo fino a che nel 1700 la sola attività praticata nel Fondaco dei Turchi fu il contrabbando di tabacco, attuato soprattutto da parte di bande di spacciatori originari di Scutari, città dell’Albania. Il Fondaco dei Turchi fu restaurato durante la dominazione austriaca e ora ospita il Museo di Storia Naturale.

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