Malgré les menaces incessantes et les guerres entre la Sérénissime et l’Empire ottoman, Venise a toujours entretenu des rapports commerciaux avec les Turcs. L’accueillante politique vénitienne permettait à beaucoup d’entre eux d’habiter dans la ville, même si c’était pour des périodes limitées et jamais avec leurs familles.

Dès 1516, les Turcs ont logé dans la zone des Santi Giovanni e Paolo et par la suite dans le sestiere de Cannaregio, chez des particuliers et dans des auberges.
En 1570, au début de la guerre de Chypre contre l’armée ottomane, à Constantinople ont été arrêtés le bailo Barbaro et les marchands vénitiens.
En 1571, Venise a décidé d’agir de la même façon contre les Turcs, en retenant les marchands et leurs marchandises. Avec eux ont été aussi arrêtés une bonne partie des Juifs qui habitaient à Venise, accusés d’avoir favorisé la guerre contre Chypre. Le Sénat vénitien était convaincu que les biens consistants des Juifs, qui intéressaient les Ottomans, pouvaient accélérer les négociations pour la libération de ses concitoyens.

La haine qui montait contre les Ottomans a provoqué de violents affrontements entre chrétiens et musulmans. Le Sénat a alors décidé de réserver aux Turcs aussi, comme il l’avait fait pour les Juifs avec le ghetto, un endroit où ils pourraient loger et exercer leurs commerces en toute sécurité.
En 1574, le citoyen d’origine grecque Francesco di Dimitri Littino a proposé au Conseil des Dix de trouver un édifice qui, sous sa surveillance et sa gestion scrupuleuses, servirait de logement pour les Turcs à Venise. On évitait ainsi de les laisser libres d’errer dans la ville et de commettre d’éventuels délits. Pour faire face aux frais du logement, il a proposé aussi l’introduction d’une taxe individuelle et un droit fixe pour les marchandises. La proposition a été discutée en 1602 et l’idée a été de créer pour les Turcs un fondaco semblable à celui déjà destiné aux Allemands. Beaucoup s’y sont opposés en affirmant qu’on assisterait ainsi à la création d’un lieu de rencontre pour la pègre, de propagande pour le Sultan et d’adoration d’Allah. En attendant, les musulmans continuaient à vivre sous le contrôle de la famille Littino dans la maison Vendramin, mais, aux dires des Vénitiens, ils continuaient à causer des problèmes à cause de leur comportement irrespectueux envers l’église voisine San Matteo.

En 1621, le conseil des "Cinque Savii alla Mercanzia" (Cinq sages de la corporation des marchands), a décidé de les déplacer dans une grande maison sur le Grand Canal qui avait appartenu au Duc de Ferrare. Dès lors, la maison accueillerait tous les musulmans, les Albanais, les Bosniaques et les Asiatiques, avec leurs marchandises.
Certains soldats ont été mis pour monter la garde et empêcher l’éventuelle entrée de chrétiens malintentionnés dans la maison, par les fenêtres fermées vers l’extérieur et le mur surélevé.
L’intérieur du fondaco était divisé en deux parties, une destinée aux musulmans d’origine albanaise et bosniaque, l’autre aux Asiatiques musulmans de Turquie qui payaient des taxes plus élevées pour leurs marchandises.

Au fil des années, l’importance de ces marchands et de leurs commerces a diminué de plus en plus, jusqu’au moment où au XVIII° siècle, la seule activité pratiquée dans le fondaco des Turcs a été la contrebande de tabac, faite surtout par des bandes de trafiquants originaires de Scutari, ville de l’Albanie.
Le Fondaco des Turcs a été restauré pendant la domination autrichienne et il accueille maintenant le Museo Naturale (Musée d'Histoire Naturelle).

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