El siglo XVI se caracterizó también por los momentos de tensión que surgieron entre Venecia y el Estado Pontificio, quizás una inevitable consecuencia de la
Reforma y de la
Contrarreforma religiosas. El Concilio de Trento (1545-1563) había establecido algunas normas a las que debían atenerse los países católicos. Venecia, a pesar de haber aceptado la normativa, no estaba de acuerdo en algunos puntos específicos: por ejemplo que el
Patriarca de Venecia, desde siempre nombrado por el Senado veneciano, tuviese que presentarse a un examen de teología en Roma, o que los “marranos”, los judíos de origen ibérico, fuesen obligados a cambiar de religión. Otros puntos de desacuerdo eran las Reglas del Estado de la Iglesia que indicaban la gran cantidad de volúmenes a incluir en el Índice de los Libros Prohibidos, en fuerte contraste con la floreciente industria editorial veneciana que publicaba muchos de aquellos. También estaba la posibilidad de hacer pasar algunos bienes del ámbito laico al eclesiástico sin la aprobación del Senado. Sin embargo la controversia más importante y política nació de la imposición del Papa Paulo V de entregar al foro eclesiástico, bajo pena de
interdicto, dos sacerdotes acusados de delitos comunes por el Consejo de los Diez. El gobierno veneciano resistió declarando nulo el documento del papa ya que iba en contra de las sagradas escrituras. La controversia, que pasó a ser de carácter internacional con los estados europeos posicionados a favor o en contra de Venecia, terminó con un compromiso, entregando los dos sacerdotes primero al estado francés y después al Papa Paulo V.
