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Il existe quatre espèces de plantes [phanérogames] caractéristiques de la lagune de Venise:La Zostère marine et la Cymodocea marina qui colonisent les fonds à plus d’un mètre de profondeur; la Zostera noltii et la Rubbia maritima qui colonisent surtout les ceintures de lais et les velme.
Un élément important de la végétation des fonds des lagunes était constitué, il y a encore quelque temps, par les vastes prairies de phanérogames qui avec leurs racines complexes contribuaient à consolider les fonds. Aujourd’hui ces plantes sont beaucoup moins répandues, alors que les algues, surtout d’espèces très rares, prédominent.
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